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La historia de Pupa es sobre dos adolescentes, Utsutsu y su hermanita Yume. Su padre era un hombre extremadamente abusivo, golpeando a su madre y luego a sus hijos después de que fue despedido. Después de un divorcio, su madre comenzó a salir con otro hombre, y el padre dejó a los dos niños solos. Ahora abandonado, Utsutsu se prometió a sí mismo que siempre protegería a Yume.Después de ver mariposas rojas, estos dos hermanos se infectan con un virus conocido como Pupa. Este virus muta organismos en monstruos insaciables, solo busca alimentarse de cualquier tipo de vida. Yume sucumbe a los efectos completos del virus Pupa, pero se convierte en un humano. Utsutsu, en lugar de convertirse en un monstruo, gana poderes regenerativos. Para que el virus sea suprimido en Yume, Utsutsu debe tomar un medicamento y que Yume se alimente de su carne.